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¿Qué es la secuenciación masiva (NGS)?

La secuenciación masiva, es una técnica que permite determinar la secuencia del ADN de un gran número de genes relacionados con la causa de una enfermedad o de un trastorno genético. El término secuenciación de última generación (del inglés Next Generation Sequencing, NGS) es sinónimo y equivalente al de secuenciación masiva en castellano.

¿Quién puede solicitar un estudio mediante NGS?

Antes de realizar una prueba genética de esta u otra características, es necesario recibir un asesoramiento pre-test por personal cualificado en el que se le informe al paciente de las ventajas y limitaciones del ensayo al que se somete. La información del resultado obtenido también requiere de un proceso de asesoramiento posterior al estudio realizado (post-test). Los resultados de la prueba son confidenciales y sólo se facilitarán a las personas autorizadas bajo consentimiento expreso y específico por escrit

¿Qué genes se estudian mediante NGS?

Esta prueba permite analizar a la vez todos los genes de una persona (exoma), analizar solo aquellos genes que se conoce que están relacionados con el desarrollo de enfermedades (exoma clínico) o limitarse a los genes actualmente relacionados con la enfermedad concreta que se sospecha en el paciente (panel de genes). Esta última suele ser la forma más frecuente de iniciar un estudio. No obstante, la estrategia idónea dependerá de cada caso y debe ser explicada con detalle antes de iniciar el estudio

¿Cuáles son los posibles resultados de un estudio de secuenciación masiva?

Los estudios de secuenciación masiva generan una gran cantidad de datos y es preciso distinguir los que puedan ser relevantes de los que puedan no serlo. Los posibles resultados del estudio se establecen de acuerdo al tipo de las variantes identificadas, que a su vez se clasifican en 5 categorías, según la probabilidad de estar implicadas en la patología de estudio: variante patogénica (VP), probablemente patogénica (VPP), de significado clínico incierto (VSCI), probablemente benigna (VPB) y benigna (VB)

¿Qué es una Variante de Significado Clínico Incierto (VSCI)?

Es una variación en el ADN, en un gen o región cromosómica, cuya implicación en el desarrollo de una determinada enfermedad se desconoce. En ocasiones es necesario llevar a cabo más estudios (a menudo, en familiares) o recopilar más evidencias para confirmar o descartar su asociación con la enfermedad

¿Qué es un hallazgo incidental y secundario?

Son alteraciones genéticas que se han identificado de manera casual al realizar un estudio genético que se llevó a cabo por otra indicación (otra sospecha clínica) distinta, pero que pueden tener implicaciones en la salud del paciente y/o sus familiares

¿Qué hallazgos se informan al paciente y cuáles no?

Se informarán las variantes clasificadas como patogénicas, probablemente patogénicas o aquellas de significado clínico incierto localizadas en genes prioritarios, que son los responsables del fenotipo descrito en el paciente, o bien en genes que puedan ayudar a establecer un diagnóstico diferencial respecto a la sospecha clínica.

En los estudios prenatales, no se informarán las variantes de significado clínico incierto cuya relevancia clínica se desconoce a fecha del estudio

• Si el paciente da su conformidad, se informarán como hallazgos secundarios las variantes patogénicas o probablemente patogénicas localizadas en genes considerados accionables. Es decir, aquellos en los que se presupone que una intervención temprana sobre los portadores puede alterar el desarrollo de la enfermedad. Se trata en su mayoría de genes relacionados con una mayor predisposición al desarrollo de cáncer, enfermedades cardiovasculares y metabólicas. Se informarán los hallazgos secundarios en los genes que figuren en la lista propuesta por el ACMG (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/docs/acmg/) en el momento de emitir el informe
• A petición del interesado, se podrán incluir en el informe otros hallazgos incidentales que no estén relacionados con el motivo del estudio indicado, pero que pueden tener implicaciones en la salud del paciente y/o sus familiares. Son ejemplos de estos hallazgos, las variantes patogénicas o probablemente patogénicas en genes con patrón de herencia autosómica recesiva o recesivas ligadas al cromosoma X. Esta opción debe quedar reflejada en el consentimiento informado de forma específica y expresa por parte del paciente o tutor legal del mismo
• No se informarán las variantes clasificadas como polimorfismos o SNPs (variante de nucleótido único presentes en la población con una frecuencia >1%) ni las variantes raras benignas o probablemente benignas

¿Cuáles son las limitaciones y riesgos de la NGS?

Existen además ciertas limitaciones técnicas que conviene conocer para interpretar los resultados con precisión

1. Existen ciertas regiones en los genes que pueden resultar difíciles de analizar. Si esto sucediera en el análisis, se indicaría en el informe.
2. Si el estudio se limita al análisis de un grupo o panel de genes, únicamente se podrán detectar mutaciones (variantes) en estos genes. Por tanto, mutaciones de interés en otros genes no incluidos en el panel no van a ser detectadas. El informe incluirá la lista exacta de genes analizados, así como el diseño de panel específico empleado para el estudio.
3. No se garantiza la identificación de variantes que se encuentren en una proporción celular inferior al 50% (mosaicismos

¿En qué consiste la técnica de MLPA?

El MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification) es una técnica que se aplica para la detección de amplificaciones/duplicaciones y deleciones en regiones genómicas concretas. El MS-MLPA específico de metilación permite además la identificación de modificaciones en el patrón de metilación para la detección de enfermedades de impronta.

¿Para qué sirve la técnica de QF-PCR?

La QF-PCR se corresponde a las siglas en inglés de la técnica Reacción en Cadena de Polimerasa Cuantitativa Fluorescente. Se trata de una técnica de biología molecular utilizada principalmente para realizar diagnósticos prenatales rápidos de las aneuploidías cromosómicas más frecuentes (21,18,13 , X e Y

¿Cómo se realiza el análisis de expansión de tripletes?

El estudio de expansiones de tripletes, que constituyen un grupo de mutaciones dinámicas asociadas fundamentalmente a enfermedades neurodegenerativas (como el síndrome de X-frágil y la distrofia miotónica tipo I), se realiza mediente TP-PCR (Triplet Repeat Primed PCR

¿En qué consiste la secuenciación Sanger?

Es un método enzimático que permite determinar la secuencia de ADN de cadena sencilla, es decir, el orden de los cuatro componentes básicos químicos, llamados "bases" (ATGC), que forman la molécula de ADN. Para ello se usa la tecnología de electroforesis capilar con didesoxinucleótidos marcados con fluorescencia.